1. פרטי או מסחרי: החליטו קודם
יאכטה המשמשת רק את בעליה ואורחיה נרשמת לשימוש פרטי. יאכטה הנושאת אורחים בתשלום, או מופעלת אחרת בתמורה, נרשמת באופן מסחרי ומוסמכת בהתאם. המרה מאוחרת יותר אפשרית אך משבשת, ולכן כדאי להכריע בכך בכנות לפני פתיחת התיק.
2. רישום יאכטה פרטית
המסלול הקל ביותר במרשם: סקר והסמכה פרופורציונליים לכלי שיט לשימוש פרטי, וללא צורך בהסמכת צ'רטר או איוש שיש לשאת.
3. יאכטה מסחרית מוסיפה את קוד היאכטות המסחריות
יאכטה המופעלת באופן מסחרי מוסמכת תחת קוד היאכטות המסחריות, או קוד היאכטות המסחריות הקטנות עבור יאכטות באורך מכל של 12 מטרים ועד פחות מ-24 מטרים עם עד 12 נוסעים. אלה קובעים את סטנדרט ציוד הבטיחות, האיוש והסקר שיאכטה זקוקה לו לפני שהיא יכולה לשאת כדין אורחים בתשלום.
4. חברת הבעלים
רישום באמצעות חברה מלטזית נפוץ בשני המשטרים כאשר הוא מתאים לבעלים: הוא מספק בעלים מלטזי כשיר, שומר על הפרדת התחייבויות כלי השיט מנכסי הבעלים האחרים, והופך מכירה עתידית להעברת מניות. הוא אינו נדרש מכל בעלים.
5. המע"מ עוקב אחר השימוש, לא אחר הדגל
שימוש פרטי ומסחרי מטופלים באופן שונה לצורכי מע"מ, והמעמד תלוי במבנה הבעלות ובאופן שבו היאכטה משמשת בפועל — הדבר מאושר עבור כלי השיט הספציפי, ולא מונח מראש לפי סוג הרישום.
6. לוח זמנים
רישום זמני מוענק לאחר שהבקשה והמסמכים הושלמו ואושרו; הרישום הקבוע בא לאחר השלמת המדידה והסקרים הרלוונטיים.
7. העברת יאכטה קיימת לדגל מלטה
יאכטה הרשומה כבר במקום אחר עוברת שינוי דגל במקום להתחיל מחדש: תעודת מחיקה מהמרשם היוצא, מתואמת מול הרישום הזמני של מלטה כדי לצמצם כל פער.