1. ทะเบียนพาณิชย์ของมอลตา
มอลตาเป็นทะเบียนเรือที่ใหญ่ที่สุดในยุโรป ด้วยเรือกว่า 10,000 ลำ และอยู่ในบัญชีขาวของสหภาพยุโรปและ Paris MoU ธงที่ผู้ให้สินเชื่อ สมาคมจัดชั้นเรือ และการตรวจสอบของรัฐเจ้าท่าทั่วโลกรู้จักและยอมรับอยู่แล้ว
2. การจัดชั้นเรือและการรับรองตามกฎหมาย
เรือเดินทะเลจะได้รับการตรวจโดยสมาคมจัดชั้นเรือ และต้องมีใบรับรองตามกฎหมายที่ประเภทและพื้นที่การค้ากำหนดเพิ่มเติมจากการตรวจชั้นเรือ ซึ่งเป็นชุดที่หน่วยงานทะเบียนเรือตรวจสอบก่อนการจดทะเบียนจะเสร็จสมบูรณ์
3. ISM, ISPS และ MLC 2006
ประมวลกฎหมายการปฏิบัติตามข้อกำหนดระหว่างประเทศสามฉบับควบคู่ไปกับการจดทะเบียนสำหรับเรือเดินทะเลเชิงพาณิชย์ ได้แก่ ประมวลกฎหมาย ISM สำหรับการบริหารความปลอดภัย ประมวลกฎหมาย ISPS สำหรับการรักษาความปลอดภัยเรือและท่าเรือ และ MLC 2006 สำหรับสภาพการทำงานและความเป็นอยู่ของคนประจำเรือ แต่ละฉบับมีรอบการตรวจสอบและการรับรองของตัวเอง
4. การจดทะเบียนชั่วคราวแล้วตามด้วยถาวร
ลำดับสองขั้นตอนเดียวกันกับเรือทุกประเภท คือการจดทะเบียนชั่วคราวก่อน จากนั้นการจดทะเบียนถาวรเมื่อการวัดขนาดตันเรือและการตรวจเรือตามกฎหมายเสร็จสมบูรณ์
5. จำนอง
จำนองเรือตามกฎหมายของมอลตาเป็นเครื่องมือที่จัดตั้งมานานและเป็นมิตรต่อเจ้าหนี้ ซึ่งเป็นหนึ่งในเหตุผลที่ผู้ให้สินเชื่อสบายใจที่จะจัดหาเงินทุนให้กับเรือที่ชักธงมอลตา
6. การเปลี่ยนธงเรือเดินทะเลพาณิชย์
การเปลี่ยนธงเรือเดินทะเลใช้ลำดับการถอนทะเบียนและจดทะเบียนแบบเดียวกับเรือทุกประเภท โดยสมาคมจัดชั้นเรือและใบรับรองตามกฎหมายจะถูกส่งต่อหรือต่ออายุตามที่ชั้นเรือและธงใหม่กำหนด
7. ภาษีตามระวางบรรทุก
เรือเชิงพาณิชย์อาจมีคุณสมบัติได้รับการจัดการภาษีตามระวางบรรทุกแทนภาษีนิติบุคคลมาตรฐานสำหรับรายได้จากการเดินเรือ โดยคุณสมบัติจะได้รับการประเมินเป็นรายกรณีตามโครงสร้างและกิจกรรมของผู้ประกอบการ