1. Tư nhân hay thương mại: quyết định trước tiên
Một du thuyền chỉ được chủ sở hữu và khách của họ sử dụng được đăng ký cho mục đích giải trí. Một du thuyền chở khách trả tiền, hoặc được khai thác để thu lợi theo cách khác, được đăng ký theo chế độ thương mại và được chứng nhận tương ứng. Việc chuyển đổi sau này là khả thi nhưng gây gián đoạn, nên đáng để xác định một cách trung thực trước khi mở hồ sơ.
2. Đăng ký du thuyền tư nhân
Con đường nhẹ nhàng nhất trên sổ đăng ký: giám định và chứng nhận tương ứng với một tàu sử dụng cho mục đích riêng, và không phải mang theo chứng nhận cho thuê hay thuyền viên.
3. Một du thuyền thương mại bổ sung Bộ luật Du thuyền Thương mại
Du thuyền khai thác thương mại được chứng nhận theo Bộ quy tắc Du thuyền Thương mại, hoặc Bộ quy tắc Du thuyền Thương mại Nhỏ đối với du thuyền có chiều dài thân từ 12 đến dưới 24 mét và tối đa 12 hành khách. Các bộ quy tắc này quy định tiêu chuẩn về trang thiết bị an toàn, thuyền viên và kiểm định mà du thuyền cần đáp ứng trước khi được chở khách trả phí một cách hợp pháp.
4. Công ty sở hữu tàu
Đăng ký thông qua công ty Malta là phổ biến ở cả hai chế độ khi phù hợp với chủ sở hữu: công ty cung cấp một chủ sở hữu Malta đủ điều kiện, giữ trách nhiệm của tàu tách biệt khỏi tài sản khác của chủ sở hữu và biến việc bán về sau thành chuyển nhượng cổ phần. Điều này không bắt buộc với mọi chủ sở hữu.
5. Thuế VAT theo mục đích sử dụng, không theo lá cờ
Sử dụng riêng và sử dụng thương mại được xử lý khác nhau về thuế VAT, và vị thế thuế phụ thuộc vào cơ cấu sở hữu và cách du thuyền thực sự được sử dụng — điều này được xác nhận cho con tàu cụ thể, chứ không được giả định từ loại hình đăng ký.
6. Thời gian biểu
Đăng ký tạm thời được cấp khi đơn và hồ sơ đã đầy đủ và được chấp thuận; đăng ký chính thức diễn ra khi việc đo dung tích và các đợt kiểm định áp dụng đã hoàn tất.
7. Chuyển một du thuyền hiện có sang cờ Malta
Một du thuyền đã đăng ký ở nơi khác thực hiện chuyển đổi cờ thay vì bắt đầu lại từ đầu: một giấy chứng nhận xóa đăng ký từ sổ đăng ký cũ, được sắp xếp trình tự cùng với đăng ký tạm thời của Malta để giảm thiểu khoảng trống.