1. 先在法律上確定船舶的性質
首先要決定的不是船籍，而是適用制度。僅供船東與賓客使用的船舶，按遊憩用途登記。以營利為目的營運之船舶，則按商業用途登記，並依商業遊艇規範取得證書；船體長度 12 公尺以上至未滿 24 公尺、載客不超過 12 人之遊艇，則適用小型商業遊艇規範。這項決定將牽動檢驗項目、證書內容與加值稅處理方式，因此值得一開始就如實確立，而非日後再行轉換。
2. 決定所有權歸屬
國際船東經常透過公司而非以個人名義持有船舶，但並非每位船東都必須如此：視船東身分而定，合格船東可直接登記、透過馬爾他公司登記，或透過在馬爾他設有駐地代理人之核准外國公司登記。馬爾他船舶所有公司可將船舶責任與個人資產分離，並使日後之出售或繼承成為股份移轉；設立公司須備妥完整的認識客戶盡職調查（KYC）文件，且可遠端辦理。
3. 先辦理臨時登記
臨時登記是兩階段登記中的第一階段。申請書與相關文件送達且經登記官核准後，船舶即合法懸掛馬爾他國旗；所需時間取決於文件之完整程度。臨時登記有效期為六個月，並可延長，使登記得以配合交船日期辦理，或使轉籍得以規劃，而無須讓船舶停航。
4. 檢驗、丈量與正式登記
待噸位丈量與船舶所適用制度所要求之法定檢驗完成、完整文件送達後，即辦理正式登記。商業登記船舶所須辦理之項目，較私人使用船舶為多。船齡與船況將由船籍主管機關評估，船齡較高的船舶可能須接受額外檢驗——這正是我們在您決定前，會針對您的特定船舶確認的事項之一。
5. 若船舶目前已於他處掛籍
轉籍本質上是排程作業。原登記處核發除籍證明書；馬爾他隨即為船舶辦理登記。由於馬爾他臨時登記速度快，兩者可妥善安排，使船舶不致陷入無船籍狀態，既有抵押權亦可在抵押權人同意下一併移轉。原登記處通常是進度較慢的一環，因此除籍申請會優先提出。
6. 此後每年的例行事項
登記是持續維護，而非重複辦理。登記本身與船舶所有公司皆負有年度義務，船舶的法定證書亦各有到期日。商業用船舶另須加上 ISM、ISPS 與 MLC 2006 之週期性事項。遺漏其中一項是常見的疏失，因此續約時程表會在正式登記核發當日即建立。