1. Přeflagování je sekvencování, nikoli začátek od nuly
Většina toho, co přeflagování potřebuje, už existuje: vlastnický titul, historie prohlídek, někdy i hypotéka. Práce spočívá v sekvenčním sladění odchodu z odcházejícího registru s maltskou registrací tak, aby plavidlo nikdy nezůstalo bez platné vlajky.
2. Certifikát o výmazu
Odcházející registr musí plavidlo formálně vymazat ze svého registru — to bývá obvykle pomalejší polovina přeflagování, a ta, kterou nová správa vlajky nejméně ovlivní, proto se žádost o výmaz podává jako první.
3. Minimalizace mezery
Prozatímní registrace umožňuje naplánovat obě strany přeflagování společně, takže plavidlo může přejít z jedné vlajky na druhou s co nejmenším přerušením, jaké postupy obou registrů dovolují.
4. Pokud existuje hypotéka
Hypotéka plavidlo do nového registru automaticky nenásleduje. Její převod vyžaduje souhlas hypotečního věřitele, který se obvykle vyžaduje souběžně se žádostí o výmaz, nikoli až po ní.
5. Co se přenáší a co se obnovuje
Některé dokumenty se aktualizují, místo aby se vytvářely znovu — doklad o vlastnickém titulu znovu vydaný na jméno nové vlajky. Jiné se pro přeflagování získávají zcela nově, zejména samotný certifikát o výmazu, který ze své podstaty nemůže existovat před přeflagováním.
6. Chyba, která stojí nejvíce času
Pozdní zahájení žádosti o výmaz na odcházející straně, až poté, co je maltská strana již připravena, je nejčastější příčinou toho, že přeflagování trvá déle, než muselo — příchozí strana bývá jen zřídka úzkým místem.