1. Privat eller erhverv: beslut det først
En yacht, der kun bruges af ejeren og gæster, registreres til lystbrug. En yacht, der medbringer betalende gæster, eller på anden måde drives mod betaling, registreres erhvervsmæssigt og certificeres i overensstemmelse hermed. At konvertere senere er muligt, men forstyrrende, så det er værd at afklare ærligt, før sagen åbnes.
2. En privat yachtregistrering
Den letteste vej i registret: syn og certificering, der er proportional med et privat brugt fartøj, og ingen charter- eller besætningscertificering at bære.
3. En erhvervsyacht tilføjer Commercial Yacht Code
En yacht, der drives erhvervsmæssigt, certificeres under Commercial Yacht Code, eller Small Commercial Yacht Code for yachter på 12 til under 24 meter i skroglængde med op til 12 passagerer. Disse fastsætter den standard for sikkerhedsudstyr, besætning og syn, en yacht skal opfylde, før den lovligt kan medbringe betalende gæster.
4. Ejerselskabet
At registrere via et maltesisk selskab er almindeligt for begge ordninger, hvor det passer til ejeren: det giver en berettiget maltesisk ejer, holder fartøjets forpligtelser adskilt fra ejerens øvrige aktiver, og gør et senere salg til en overdragelse af aktier. Det er ikke påkrævet for alle ejere.
5. Moms følger brugen, ikke flaget
Privat og erhvervsmæssig brug behandles forskelligt momsmæssigt, og positionen afhænger af ejerstrukturen og af, hvordan yachten reelt bruges — dette bekræftes for det specifikke fartøj, det antages ikke ud fra registreringstypen.
6. Tidslinje
Midlertidig registrering udstedes, når ansøgningen og dokumenterne er komplette og godkendt; endelig registrering følger, når måling og de gældende syn er afsluttet.
7. At flytte en eksisterende yacht til det maltesiske flag
En yacht, der allerede er registreret et andet sted, omflages frem for at starte forfra: et slettelsescertifikat fra det udgående register, sekventeret i forhold til Maltas midlertidige registrering for at minimere ethvert hul.