1. המרשם הסוחר של מלטה
מלטה היא מרשם האוניות הגדול באירופה, עם למעלה מ-10,000 כלי שיט רשומים בו, והיא נמצאת ברשימה הלבנה הן של האיחוד האירופי והן של Paris MoU — דגל שמלווים, חברות סיווג ובקרת מדינת נמל ברחבי העולם כבר מכירים בו.
2. סיווג והסמכה סטטוטורית
אונייה סוחרת נסקרת על ידי חברת סיווג, ונושאת את התעודות הסטטוטוריות הנדרשות על פי סוגה ואזור הסחר שלה בנוסף לסקר הסיווג — השילוב שמנהלת הדגל בודקת לפני השלמת הרישום.
3. ISM, ISPS ו-MLC 2006
שלושה קודי ציות בין-לאומיים נלווים לרישום של אונייה מסחרית: קוד ה-ISM לניהול בטיחות, קוד ה-ISPS לביטחון אוניות ומתקני נמל, ו-MLC 2006 לתנאי העבודה והמחיה של ימאים. לכל אחד מהם מחזור ביקורת והסמכה משלו.
4. רישום זמני ולאחר מכן קבוע
אותו רצף דו-שלבי כמו כל כלי שיט: רישום זמני תחילה, ולאחר מכן רישום קבוע לאחר השלמת מדידת הטונאז' והסקרים הסטטוטוריים.
5. משכנתאות
המשכנתא הסטטוטורית על אוניות במלטה היא מכשיר ותיק וידידותי לנושים, וזו אחת הסיבות שמלווים נוחים לממן כלי שיט הנושא דגל מלטה.
6. שינוי דגל לכלי שיט סוחר
שינוי דגל של אונייה פועל לפי אותו רצף של מחיקה ורישום כמו כל כלי שיט, כאשר חברת הסיווג והתעודות הסטטוטוריות מועברות או מתחדשות בהתאם לדרישות הסיווג והדגל החדשים.
7. מס טונאז'
כלי שיט מסחריים עשויים לעמוד בתנאים לטיפול מס טונאז' במקום מס חברות רגיל על הכנסות שילוח — הזכאות מוערכת מקרה לגופו בהתאם למבנה המפעיל ופעילותו.