1. Odredite pravni status plovila
Prva odluka nije zastava — nego režim registracije. Plovilo koje koristi isključivo vlasnik i njegovi gosti registrira se za rekreativnu (privatnu) namjenu. Plovilo koje se koristi uz naknadu registrira se komercijalno i certificira prema Commercial Yacht Code (CYC), odnosno prema Small Commercial Yacht Code (sCYC) za jahte duljine trupa od 12 do manje od 24 metra s do 12 putnika. Ta odluka određuje koji se pregledi, certifikacija i tretman PDV-a primjenjuju, pa je vrijedno pošteno je utvrditi na početku, umjesto naknadnog preinačavanja.
2. Odredite tko je vlasnik
Međunarodni vlasnici često drže plovilo putem tvrtke, a ne na vlastito ime, no to nije obvezno za svakog vlasnika: ovisno o statusu vlasnika, prihvatljivi vlasnik može se registrirati izravno, putem malteške tvrtke ili putem odobrene strane tvrtke s agentom s boravištem na Malti. Malteška vlasnička tvrtka odvaja odgovornosti plovila od osobne imovine, a naknadnu prodaju ili nasljeđivanje svodi na prijenos dionica; osnivanje zahtijeva potpunu KYC dokumentaciju i može se obaviti na daljinu.
3. Prvo privremena registracija
Privremena registracija prva je od dviju faza registracije. Kada se podnesu zahtjev i prateća dokumentacija te ih Registrar odobri, plovilo zakonito vije maltešku zastavu; trajanje ovisi o tome koliko je dokumentacija potpuna. Privremena registracija vrijedi šest mjeseci i može se produljiti, što omogućuje da se registracija uskladi s datumom isporuke ili da se promjena zastave planira bez prekida rada plovila.
4. Pregled, mjerenje tonaže i trajna registracija
Trajna registracija slijedi nakon što se dovrši mjerenje tonaže i statutarni pregledi primjenjivi na režim plovila, te nakon što je predana potpuna dokumentacija. Komercijalno registrirano plovilo prolazi kroz opsežniji postupak od plovila u privatnoj uporabi. Starost i stanje plovila procjenjuje uprava za registar zastave, a starija plovila mogu zahtijevati dodatni pregled — to je jedna od stvari koje potvrđujemo za vaše konkretno plovilo prije nego što se obvežete.
5. Ako je plovilo već registrirano pod drugom zastavom
Promjena zastave prije svega je pitanje usklađivanja redoslijeda koraka. Dosadašnji registar izdaje potvrdu o brisanju iz upisnika, a Malta zatim registrira plovilo. Budući da je privremena registracija brza, ta se dva koraka mogu uskladiti tako da plovilo ni u jednom trenutku ne ostane bez zastave, a postojeća hipoteka može se prenijeti uz suglasnost vjerovnika. Dosadašnji registar obično je sporiji dio postupka, pa se zahtjev za brisanje podnosi prvi.
6. Što se događa svake sljedeće godine
Registracija se održava, a ne ponavlja iznova. I registracija i vlasnička tvrtka nose svoje godišnje obveze, a statutarni certifikati plovila imaju vlastite rokove valjanosti. Komercijalna plovila uz to imaju cikluse ISM, ISPS i MLC 2006 pravilnika. Propuštanje jednog od njih najčešći je uzrok problema, zbog čega se kalendar obnova postavlja već na dan izdavanja trajne registracije.