1. Pribadi atau komersial: tentukan dulu
Yacht yang hanya digunakan oleh pemilik dan tamunya didaftarkan untuk penggunaan pesiar. Yacht yang membawa tamu berbayar, atau dioperasikan untuk imbalan lainnya, didaftarkan secara komersial dan disertifikasi sesuai dengan itu. Mengonversi nanti dimungkinkan tetapi mengganggu, sehingga sebaiknya ditetapkan secara jujur sebelum berkas dibuka.
2. Pendaftaran yacht pribadi
Jalur paling ringan pada register: survei dan sertifikasi yang proporsional untuk kapal yang digunakan secara pribadi, dan tanpa perlu sertifikasi charter atau awak kapal.
3. Yacht komersial menambahkan Commercial Yacht Code
Yacht yang dioperasikan secara komersial disertifikasi di bawah Commercial Yacht Code, atau Small Commercial Yacht Code untuk yacht dengan panjang garis muat 12 hingga di bawah 24 meter dengan maksimal 12 penumpang. Kode-kode ini menetapkan standar peralatan keselamatan, awak kapal, dan survei yang dibutuhkan sebuah yacht sebelum dapat secara sah membawa tamu berbayar.
4. Perusahaan pemilik
Mendaftar melalui perusahaan Malta adalah praktik umum untuk kedua rezim jika sesuai bagi pemilik: perusahaan tersebut menyediakan pemilik Malta yang memenuhi syarat, menjaga tanggung jawab kapal terpisah dari aset lain pemilik, dan mengubah penjualan di masa depan menjadi pengalihan saham. Hal ini tidak diwajibkan bagi setiap pemilik.
5. PPN mengikuti penggunaan, bukan bendera
Penggunaan pribadi dan komersial diperlakukan berbeda untuk keperluan PPN, dan posisinya tergantung pada struktur kepemilikan serta bagaimana yacht sebenarnya digunakan — ini dipastikan untuk kapal spesifik, bukan diasumsikan dari jenis pendaftarannya.
6. Jadwal waktu
Pendaftaran sementara diberikan setelah permohonan dan dokumen lengkap dan disetujui; pendaftaran permanen menyusul setelah pengukuran dan survei yang berlaku selesai.
7. Memindahkan yacht yang sudah ada ke bendera Malta
Yacht yang sudah terdaftar di tempat lain berganti bendera alih-alih memulai dari awal: sertifikat penghapusan dari register asal, diatur urutannya terhadap pendaftaran sementara Malta untuk meminimalkan celah waktu.