1. Odločite se, kaj je plovilo pravno gledano
Prva odločitev ni zastava — temveč režim. Plovilo, ki ga uporabljata le lastnik in njegovi gostje, se registrira za razvedrilno uporabo. Plovilo, ki deluje za plačilo, se registrira gospodarsko in certificira po Commercial Yacht Code oziroma po Small Commercial Yacht Code za jahte od 12 do manj kot 24 metrov dolžine trupa z do 12 potniki. Ta odločitev določa preglede, certificiranje in obravnavo DDV, zato jo je vredno pošteno sprejeti na začetku, namesto da bi jo pozneje spreminjali.
2. Odločite se, kdo je lastnik
Mednarodni lastniki plovilo pogosto držijo prek družbe in ne na svoje ime, vendar to ni obvezno za vsakega lastnika: glede na status lastnika se lahko upravičen lastnik registrira neposredno, prek malteške družbe ali prek odobrene tuje družbe s pooblaščenim zastopnikom na Malti. Malteška lastniška družba loči obveznosti plovila od osebnega premoženja ter poznejšo prodajo ali nasledstvo spremeni v prenos deležev; ustanovitev zahteva popolno dokumentacijo KYC in jo je mogoče opraviti na daljavo.
3. Najprej začasna registracija
Začasna registracija je prva od dveh stopenj registracije. Ko sta vloga in spremna dokumentacija predloženi in je registrar odobri, plovilo zakonito pluje pod malteško zastavo; čas je odvisen od popolnosti dokumentacije. Začasna registracija velja šest mesecev in jo je mogoče podaljšati, kar omogoča, da se registracija uskladi z datumom dobave ali da se menjava zastave načrtuje, ne da bi plovilo prenehalo delovati.
4. Pregled, meritev in trajna registracija
Trajna registracija sledi, ko sta zaključena meritev tonaže in statutarni pregledi, ki veljajo za režim plovila, ter je predložena celotna dokumentacija. Gospodarsko registrirano plovilo nosi več tega kot zasebno uporabljeno. Starost in stanje plovila oceni uprava za zastavo, starejša plovila pa lahko zahtevajo dodaten pregled — to je ena od točk, ki jih potrdimo za vaše konkretno plovilo, preden se odločite.
5. Če je plovilo že registrirano drugje
Menjava zastave je vprašanje časovne uskladitve. Odhodni register izda potrdilo o izbrisu; Malta plovilo registrira. Ker je začasna registracija hitra, je mogoče oba koraka razporediti tako, da plovilo ne ostane brez zastave, morebitno obstoječo hipoteko pa je mogoče prenesti s soglasjem hipotekarnega upnika. Odhodni register je običajno počasnejši del, zato se zahteva za izbris vloži najprej.
6. Kaj se dogaja vsako naslednje leto
Registracija se vzdržuje, ne ponavlja. Tako registracija kot lastniška družba nosita letne obveznosti, statutarna spričevala plovila pa tečejo do svojih rokov veljavnosti. Gospodarska plovila k temu dodajo še cikle ISM, ISPS in MLC 2006. Zamuda enega od njih je najpogostejši vzrok težav, zato se koledar obnovitev vzpostavi že na dan izdaje trajne registracije.