1. ค่าธรรมเนียมของสำนักทะเบียนอย่างเป็นทางการ
Transport Malta (หน่วยงานการขนส่งของมอลตา) เป็นผู้กำหนดและประกาศค่าธรรมเนียมการจดทะเบียนและค่าธรรมเนียมรายปี ซึ่งขึ้นอยู่กับขนาดของเรือยอทช์ และขึ้นอยู่กับว่าจดทะเบียนเพื่อใช้งานส่วนตัวหรือเชิงพาณิชย์ สำนักทะเบียนเป็นผู้ประกาศค่าธรรมเนียมเหล่านี้ และมีการเปลี่ยนแปลงเป็นครั้งคราว จึงไม่ได้ระบุตัวเลขไว้ในหน้านี้ โปรดใช้ตารางค่าธรรมเนียมฉบับปัจจุบันของสำนักทะเบียน
2. ค่าบริการวิชาชีพ
การจัดเตรียมแฟ้มเอกสาร การแต่งตั้งตัวแทนที่พำนักในมอลตา (resident agent) และการจัดตั้งบริษัทในกรณีที่มีการใช้บริษัท เป็นบริการที่มีค่าธรรมเนียมของตนเอง ซึ่งกำหนดโดยผู้ให้บริการแต่ละราย MALTA FLAG แจ้งราคาเป็นลายลักษณ์อักษรก่อนเริ่มงานทุกครั้ง และการประเมินเบื้องต้นไม่มีค่าใช้จ่าย
3. ต้นทุนที่ขึ้นอยู่กับตัวเรือ
การสำรวจเรือและการวัดระวางขับน้ำ งานใดๆ ที่จำเป็นเพื่อให้เป็นไปตามข้อกำหนด (code) ที่ใช้บังคับ ตลอดจนการแปลหรือการรับรองเอกสาร (legalisation) มีค่าใช้จ่ายแตกต่างกันไปตามเรือและสถานที่ที่เรืออยู่ โดยชำระให้แก่บุคคลภายนอกที่เป็นผู้ดำเนินงาน
4. ภาษี
ภาษีมูลค่าเพิ่ม (VAT) และสำหรับผู้ประกอบการเชิงพาณิชย์ ภาษีตามระวางเรือ (tonnage tax) หรือระบอบอื่นๆ เป็นผลมาจากวิธีที่ใช้เรือและพื้นที่ที่เรือปฏิบัติการ ไม่ได้เกิดจากการจดทะเบียนเพียงอย่างเดียว ภาษีเหล่านี้แยกต่างหากจากค่าธรรมเนียมของสำนักทะเบียน และควรตรวจสอบเป็นรายกรณี
5. ค่าใช้จ่ายรายปี
การจดทะเบียนต้องคงสถานะไว้ด้วยการต่ออายุและการรักษาใบรับรองให้เป็นปัจจุบัน ควรตั้งงบประมาณสำหรับค่าธรรมเนียมรายปีของสำนักทะเบียน ค่าสำรวจเรือ ค่าต่ออายุใบรับรอง และในกรณีที่บริษัทเป็นเจ้าของเรือยอทช์ ค่าใช้จ่ายในการยื่นเอกสารประจำปีของบริษัท
6. การขอใบเสนอราคาเป็นลายลักษณ์อักษร
แจ้งประเภท ความยาว ธงปัจจุบัน และวัตถุประสงค์การใช้งานของเรือยอทช์ให้เราทราบ ข้อมูลเท่านี้เพียงพอสำหรับการจัดทำขอบเขตงานและใบเสนอราคาเป็นลายลักษณ์อักษร กฎ ข้อกำหนด (codes) และค่าธรรมเนียมถูกกำหนดโดย Transport Malta และมีการเปลี่ยนแปลง หน้าเว็บอย่างเป็นทางการคือแหล่งอ้างอิง คู่มือนี้อธิบายว่าองค์ประกอบต่างๆ เชื่อมโยงกันอย่างไร และไม่อาจใช้แทนคำปรึกษาทางกฎหมายได้