1. การเปลี่ยนธงคือการจัดลำดับ ไม่ใช่การเริ่มต้นใหม่
สิ่งที่การเปลี่ยนธงต้องการส่วนใหญ่มีอยู่แล้ว ได้แก่ กรรมสิทธิ์ ประวัติการตรวจเรือ และบางครั้งจำนอง งานสำคัญอยู่ที่การจัดลำดับการออกจากทะเบียนเดิมให้สอดคล้องกับการจดทะเบียนที่มอลตา เพื่อไม่ให้เรือขาดธงที่ถูกต้องแม้แต่ช่วงเดียว
2. ใบรับรองการถอนทะเบียน
ทะเบียนเดิมต้องถอนทะเบียนเรือออกจากทะเบียนของตนอย่างเป็นทางการ นี่มักเป็นส่วนที่ช้ากว่าของการเปลี่ยนธง และเป็นส่วนที่หน่วยงานธงใหม่ควบคุมได้น้อยที่สุด จึงเป็นเหตุผลที่คำขอถอนทะเบียนจะถูกยื่นก่อน
3. การลดช่วงว่างให้น้อยที่สุด
การจดทะเบียนชั่วคราวช่วยให้วางแผนทั้งสองฝ่ายของการเปลี่ยนธงไปพร้อมกันได้ เรือจึงย้ายจากธงหนึ่งไปยังอีกธงหนึ่งโดยหยุดชะงักน้อยที่สุดเท่าที่ขั้นตอนของสองทะเบียนเอื้ออำนวย
4. หากมีจำนองเดิมอยู่
จำนองจะไม่ติดตามเรือไปยังทะเบียนใหม่โดยอัตโนมัติ การโอนย้ายต้องได้รับความยินยอมจากผู้รับจำนอง และโดยปกติจะขอความยินยอมนี้ควบคู่ไปกับคำขอถอนทะเบียนมากกว่าจะขอภายหลัง
5. สิ่งที่ส่งต่อและสิ่งที่ต้องต่ออายุ
เอกสารบางอย่างเป็นการปรับปรุงมากกว่าเริ่มใหม่ เช่น หลักฐานกรรมสิทธิ์ที่ออกใหม่ในนามธงใหม่ ส่วนเอกสารอื่นต้องขอใหม่เฉพาะสำหรับการเปลี่ยนธงนี้ โดยเฉพาะใบรับรองการถอนทะเบียนเอง ซึ่งตามนิยามแล้วไม่สามารถมีอยู่ก่อนการเปลี่ยนธงได้
6. ข้อผิดพลาดที่เสียเวลามากที่สุด
การเริ่มยื่นคำขอถอนทะเบียนล่าช้า หลังจากฝ่ายมอลตาเตรียมพร้อมไว้แล้ว เป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดที่ทำให้การเปลี่ยนธงใช้เวลานานกว่าที่ควร ฝ่ายรับธงใหม่ไม่ค่อยเป็นจุดคอขวด