1. Торговий реєстр Мальти
Мальта — найбільший судновий реєстр Європи, на якому перебуває понад 10 000 суден, і входить до білого списку ЄС та Паризького меморандуму (Paris MoU) — прапор, який кредитори, класифікаційні товариства та портовий контроль держави прапора вже визнають у всьому світі.
2. Класифікація та обов'язкова сертифікація
Торгове судно освідчує класифікаційне товариство, і воно несе обов'язкові сертифікати, яких вимагає його тип і район плавання, на додаток до класифікаційного освідчення, — саме цю комбінацію адміністрація прапора перевіряє перед завершенням реєстрації.
3. ISM, ISPS та MLC 2006
Три міжнародні кодекси відповідності супроводжують реєстрацію комерційного корабля: Кодекс ISM для управління безпекою, Кодекс ISPS для безпеки судна та порту та MLC 2006 щодо умов праці й побуту моряків. Кожен має власний цикл аудиту та сертифікації.
4. Спочатку тимчасова, потім постійна реєстрація
Та сама дворівнева послідовність, що й для будь-якого судна: спочатку тимчасова реєстрація, потім постійна реєстрація після завершення обміру тоннажу й обов'язкових освідчень.
5. Іпотеки
Законна іпотека на судно на Мальті — усталений, дружній до кредиторів інструмент, що є однією з причин, чому кредитори охоче фінансують судна під мальтійським прапором.
6. Зміна прапора торгового судна
Зміна прапора корабля відбувається за тією самою послідовністю «виключення та реєстрація», що й для будь-якого судна, при цьому класифікаційне товариство та обов'язкові сертифікати переносяться або поновлюються відповідно до вимог нового класу та прапора.
7. Тоннажний податок
Комерційні судна можуть претендувати на режим тоннажного податку замість звичайного корпоративного податку на дохід від судноплавства — відповідність критеріям оцінюється в кожному конкретному випадку залежно від структури й діяльності оператора.