1. ส่วนบุคคลหรือเชิงพาณิชย์: ตัดสินใจก่อน
เรือยอชท์ที่ใช้งานโดยเจ้าของและแขกเท่านั้นจะจดทะเบียนเพื่อการพักผ่อน เรือยอชท์ที่รับแขกที่จ่ายเงิน หรือดำเนินการเพื่อรับค่าตอบแทนในลักษณะอื่น จะจดทะเบียนเชิงพาณิชย์และรับรองตามนั้น การเปลี่ยนภายหลังทำได้แต่ก่อให้เกิดความยุ่งยาก จึงควรตัดสินใจอย่างตรงไปตรงมาก่อนที่จะเปิดเอกสาร
2. การจดทะเบียนเรือยอชท์ส่วนบุคคล
เส้นทางที่เบาที่สุดในทะเบียน การตรวจเรือและการรับรองตามสัดส่วนของเรือที่ใช้งานส่วนตัว โดยไม่ต้องมีการรับรองด้านการเช่าเหมาลำหรือลูกเรือ
3. เรือยอชท์เชิงพาณิชย์ต้องมี Commercial Yacht Code เพิ่มเติม
เรือยอชท์ที่ดำเนินการเชิงพาณิชย์ได้รับการรับรองภายใต้ Commercial Yacht Code หรือ Small Commercial Yacht Code สำหรับเรือยอชท์ที่มีความยาวตัวเรือตั้งแต่ 12 เมตรแต่ไม่ถึง 24 เมตร และรับผู้โดยสารได้ไม่เกิน 12 คน ซึ่งกำหนดมาตรฐานอุปกรณ์ความปลอดภัย ลูกเรือ และการตรวจเรือที่เรือยอชท์ต้องมีก่อนที่จะรับแขกที่จ่ายเงินได้อย่างถูกกฎหมาย
4. บริษัทเจ้าของเรือ
การจดทะเบียนผ่านบริษัทมอลตาเป็นที่นิยมสำหรับทั้งสองระบบเมื่อเหมาะกับเจ้าของ ทำให้มีเจ้าของชาวมอลตาที่มีคุณสมบัติเหมาะสม แยกภาระผูกพันของเรือออกจากทรัพย์สินอื่นของเจ้าของ และเปลี่ยนการขายในภายหลังให้เป็นการโอนหุ้น ทั้งนี้ไม่จำเป็นสำหรับเจ้าของทุกราย
5. ภาษีมูลค่าเพิ่มขึ้นอยู่กับการใช้งาน ไม่ใช่ธง
การใช้งานส่วนตัวและเชิงพาณิชย์ได้รับการปฏิบัติต่างกันในทางภาษีมูลค่าเพิ่ม และสถานะขึ้นอยู่กับโครงสร้างความเป็นเจ้าของและวิธีที่เรือยอชท์ถูกใช้งานจริง ซึ่งจะได้รับการยืนยันสำหรับเรือลำนั้นโดยเฉพาะ ไม่ใช่สันนิษฐานจากประเภทการจดทะเบียน
6. ระยะเวลา
การจดทะเบียนชั่วคราวจะได้รับอนุมัติเมื่อคำขอและเอกสารครบถ้วนและได้รับการอนุมัติ การจดทะเบียนถาวรตามมาเมื่อการวัดขนาดและการตรวจเรือที่เกี่ยวข้องเสร็จสมบูรณ์
7. การย้ายเรือยอชท์ที่มีอยู่แล้วมาสู่ธงมอลตา
เรือยอชท์ที่จดทะเบียนอยู่ที่อื่นแล้วจะเปลี่ยนธงแทนที่จะเริ่มต้นใหม่ ได้แก่ ใบรับรองการถอนทะเบียนจากทะเบียนเดิม ซึ่งจัดลำดับให้สอดคล้องกับการจดทะเบียนชั่วคราวของมอลตาเพื่อลดช่วงว่างให้น้อยที่สุด